Volilne komisije so zavrnile več ugovorov SDS in Demokratov zaradi domnevnih nepravilnosti na volitvah. V mariborski volilni enoti so ugovor SDS zavrnili, v ljubljanski volilni enoti pa so ugovor Demokratov Anžeta Logarja iz postopkovnih razlogov zavrgli.

SDS je zahtevala, da se rezultati 24 posebnih volišč za predčasno glasovanje ne bi šteli v skupni izid volitev. Opozarjali so na domnevne nepravilnosti pri določitvi skupnih volišč, hrambi skrinjic in nadzoru nad predčasnim glasovanjem. Volilne komisije so ugovore zavrnile kot neutemeljene in pojasnile, da so bile skrinjice hranjene in varovane skladno z navodili DVK. Zavrnili so tudi očitke SDS glede dveh volišč na Gorenjskem. V enem primeru so pojasnili, da glasovanje ni bilo prekinjeno zaradi pomanjkanja glasovnic, v drugem pa, da volivec ni mogel glasovati na izbranem volišču, ker je bil vpisan drugje. SDS je v ugovorih navajala še nekaj nepravilnosti, kjer pa niso izpodbijali rezultata. Med drugim v Brežicah rezultati naj ne bi bili javno objavljeni, kar so v volilnih odborih zanikali. Pristojna volilna komisija pa je potrdila, da na osnovni šoli Ihan volivec ni mogel oddati glasu, ker se je pod njegovo ime že pred njim nekdo podpisal v volilni imenik, kar pa ni vplivalo na izid volitev.

Zoper odločitve volilnih komisij je mogoča pritožba na državni zbor. SDS je medtem predlagala tudi neodvisno forenzično preiskavo informacijskega sistema DVK zaradi tehničnih težav ob objavi rezultatov. Na DVK odgovarjajo, da je 15-minutni izpad spletne strani že v preverjanju, medtem ko naj bi osrednji informacijski sistem ves čas deloval brezhibno.