Po očetovi smrti se je z družino preselila v Ljubljano, skrb za njeno nadaljnje izobraževanje pa je prevzel stric Otmar Krajec. S finančno podporo in poklicnim usmerjanjem je pomembno vplival na njeno življenjsko pot.

V Ljubljani je obiskovala dekliški licej in se zasebno učila latinščino. Študij je nadaljevala na visoki šoli za farmacijo v Pragi, kjer je julija 1921 diplomirala. Prav v Pragi naj bi spoznala tudi arhitekta Jožeta Plečnika.

Po vrnitvi v Ljubljano je lekarniške izkušnje pridobivala v lekarnah Bahovec in Leustek, nekaj časa pa je delala tudi v lekarni Gradišnik na Jesenicah. Za tedanje razmere je veljala za izjemno izobraženo žensko. Poleg strokovnega znanja je obvladala nemški, francoski in italijanski jezik.

Leta 1927 je dopolnila petletno delovno dobo kot magistra farmacije, ki je bila pogoj za samostojno vodenje lekarne. Istega leta je v središču Kostanjevice na Krki odprla zasebno lekarno sv. Miklavža. S tem je postala prva ženska na Slovenskem z lastno zasebno lekarno in se v Kostanjevici tudi za stalno naselila.

Pogoste poplave in visoka voda so jo pozneje spodbudile k razmišljanju o gradnji nove lekarniške stavbe. Načrte zanjo je pripravil Jože Plečnik, ki je s svojimi zamislimi zaznamoval tudi druge pomembne trenutke njenega življenja.

Med drugo svetovno vojno se je Emilija Fon pridružila narodnoosvobodilnemu gibanju. S kolesom je iz Novega mesta v Kostanjevico tajno prevažala pošto in sanitetni material za partizane. Leta 1942 so jo aretirali Italijani in jo za šest mesecev zaprli. Po vrnitvi je ugotovila, da je bila lekarna izropana, bivanje v hiši pa je postalo negotovo.

Lekarno je vodila do leta 1949, ko je bila podržavljena. Kljub temu je ostala njena upraviteljica vse do upokojitve. Aktivna je bila tudi v lokalnem okolju. Vodila je Planinsko društvo ter delovala kot tajnica in blagajničarka Meščanske skupnosti.

Leta 1981 je kot častna gostja položila temeljni kamen za gradnjo novega zdravstvenega doma, v katerega so pozneje preselili tudi lekarno.

Emilija Fon je umrla leta 1984. Pokopana je na kostanjeviškem pokopališču v grobu, izdelanem po Plečnikovi zamisli. Njeno nekdanjo hišo in lekarno so leta 1987 porušili, na njunem mestu pa je bil zgrajen večstanovanjski objekt.

Vir: Zgodovinska mesta Slovenije, Visit Kostanjevica na Krki